Geologische Untersuchungen führen die Karsttopographie auf zwei Millionen Jahre Korallenriff-Hebung und -Erosion zurück, wodurch Säulen aus versteinerten Korallen entstanden, die abrupt aus dem flachen, türkisfarbenen Wasser ragen. Nur drei Inseln – Quezon, Governor's und Children's – erlauben das Campen über Nacht; die restlichen 121 sind nur für Tagesbesuche bestimmt, wobei ihre empfindlichen Ökosysteme unter strengen Naturschutzprotokollen stehen, die vom Protected Area Management Board durchgesetzt werden.
Die meisten Hundred Islands Touren ab Manila starten am Lucap Wharf in Alaminos City, Pangasinan, wo Bancas – traditionelle Auslegerboote – die Besucher über den Golf bringen. Der Hauptcluster des Parks liegt in einem Radius von 30 Minuten um den Kai, obwohl sich verstreute Inselchen weiter in offenes Wasser erstrecken. Quezon Island, der am stärksten entwickelte Standort, verfügt über eine hölzerne Treppe mit 123 Stufen, die zu einem Aussichtspunkt auf 37 Metern Höhe führt und einen Panoramablick über die gesamte Formation bietet. Governor's Island bietet Badebuchten und einfache Picknickunterstände, während Children's Island Schnorchler zu seinen flachen Riffen lockt, wo die Sicht während der ruhigen Monsunübergänge 8–12 Meter erreicht.
Das Inventar der Artenvielfalt des Parks verzeichnete zwischen 2018 und 2023 48 Korallenarten und 86 Fischarten, obwohl der Druck durch die Küstenentwicklung und saisonale Algenblüten die lebende Korallenbedeckung in Zonen mit hohem Verkehrsaufkommen reduziert hat. Meeresbiologen stellen fest, dass der Archipel als Aufzuchtgebiet für junge Kaninchenfische und Zackenbarsche fungiert, Arten, die für die regionale Fischerei von entscheidender Bedeutung sind. Die Island Protected Area Fee von 30 Pesos, die am Registrierungspavillon von Lucap erhoben wird, finanziert Patrouillenboote und die Wartung der Markierungsbojen, doch die Parkverwaltung schätzt, dass die jährlichen Besucherzahlen – in Vor-Pandemie-Jahren fast 180.000 – die Infrastruktur zur Abfallentsorgung auf den drei bewohnten Inseln belasten.
Direkte Touren zu den Hundred Islands von Manila aus erfordern normalerweise fünf bis sechs Stunden Transit über den Tarlac–Pangasinan–La Union Expressway, wobei die meisten Betreiber die Hauptstadt vor Sonnenaufgang verlassen, um die Tageslichtstunden im Meerespark zu maximieren. Private Van-Charter und Linienbusse enden am öffentlichen Markt von Alaminos City, eine zehnminütige Fahrt mit dem Tricycle vom Lucap Wharf entfernt. Die Hauptbesuchszeit konzentriert sich auf die Monate November bis April, wenn die Nordostmonsunwinde nachlassen und die Wellenhöhen unter einen Meter fallen, was optimale Bedingungen für Inselhüpfen-Routen schafft, die vier bis sechs Inselchen an einem einzigen Vormittag besuchen.
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