Les études géologiques retracent la topographie karstique sur deux millions d'années de soulèvement et d'érosion des récifs coralliens, laissant des piliers de corail fossilisé qui s'élèvent brusquement au-dessus des eaux turquoise peu profondes. Seules trois îles — Quezon, Governor's et Children's — autorisent le camping nocturne ; les 121 restantes ne sont accessibles que pour des visites à la journée, leurs écosystèmes fragiles étant surveillés selon des protocoles de conservation stricts appliqués par le Conseil de gestion des zones protégées.
La plupart des itinéraires d'excursion aux Cent îles depuis Manille partent de Lucap Wharf à Alaminos City, Pangasinan, où des « bancas » — bateaux à balancier traditionnels — transportent les visiteurs à travers le golfe. Le groupe principal du parc se trouve dans un rayon de 30 minutes du quai, bien que des îlots dispersés s'étendent plus loin en eau libre. Quezon Island, le plus grand site développé, dispose d'un escalier en bois de 123 marches menant à un point de vue au sommet à 37 mètres d'altitude, offrant des vues panoramiques sur l'ensemble de la formation. Governor's Island abrite des criques de baignade et des abris de pique-nique rudimentaires, tandis que Children's Island attire les amateurs de snorkeling sur ses récifs peu profonds où la visibilité atteint 8 à 12 mètres lors des transitions calmes de la mousson.
L'inventaire de la biodiversité du parc a enregistré 48 espèces de coraux et 86 espèces de poissons lors des études de base menées entre 2018 et 2023, bien que les pressions liées au développement côtier et les efflorescences algales saisonnières aient réduit la couverture corallienne vivante dans les zones à fort trafic. Les biologistes marins notent que l'archipel fonctionne comme un habitat de nurserie pour les juvéniles de poissons-lapins et de mérous, des espèces critiques pour la pêche régionale. La taxe de 30 pesos pour la zone protégée des îles, collectée au pavillon d'enregistrement de Lucap, finance les navires de patrouille et l'entretien des bouées de balisage, bien que les administrateurs du parc estiment que le nombre annuel de visiteurs — approchant les 180 000 les années précédant la pandémie — pèse sur l'infrastructure de gestion des déchets sur les trois îles habitées.
Les excursions directes aux Cent îles depuis Manille nécessitent généralement cinq à six heures de transit terrestre via l'autoroute Tarlac–Pangasinan–La Union, la plupart des opérateurs partant de la capitale avant l'aube pour maximiser les heures de clarté dans le parc marin. Les charters de vans privés et les services de bus programmés s'arrêtent au marché public d'Alaminos City, à dix minutes en tricycle de Lucap Wharf. La fréquentation maximale se concentre entre novembre et avril, lorsque les vents de mousson du nord-est s'apaisent et que la hauteur des vagues tombe en dessous d'un mètre, créant des conditions optimales pour les circuits de saut d'île visitant quatre à six îlots en une seule matinée.
18 h
