Los estudios geológicos remontan la topografía kárstica a dos millones de años de elevación y erosión de arrecifes de coral, dejando pilares de coral fosilizado que se elevan abruptamente desde aguas turquesas poco profundas. Solo tres islas—Quezon, Governor's y Children's—permiten acampar durante la noche; las 121 restantes son solo para visitas diurnas, y sus frágiles ecosistemas son monitoreados bajo estrictos protocolos de conservación impuestos por la Junta de Gestión del Área Protegida.
La mayoría de los itinerarios del tour por las Cien Islas desde Manila parten de Lucap Wharf en Alaminos City, Pangasinan, donde las 'bancas'—embarcaciones tradicionales con estabilizadores—transportan a los visitantes a través del golfo. El grupo central del parque se encuentra en un radio de 30 minutos desde el muelle, aunque los islotes dispersos se extienden más hacia aguas abiertas. Quezon Island, el sitio desarrollado más grande, cuenta con una escalera de madera de 123 escalones que asciende a un punto de vista en la cumbre a 37 metros de elevación, ofreciendo vistas panorámicas de toda la formación. Governor's Island mantiene calas para nadar y refugios de picnic rudimentarios, mientras que Children's Island atrae a los buceadores a sus arrecifes poco profundos donde la visibilidad alcanza los 8–12 metros durante las transiciones tranquilas del monzón.
El inventario de biodiversidad del parque registró 48 especies de coral y 86 especies de peces durante los estudios realizados entre 2018 y 2023, aunque las presiones del desarrollo costero y las floraciones de algas estacionales han reducido la cobertura de coral vivo en las zonas de mucho tráfico. Los biólogos marinos señalan que el archipiélago funciona como un hábitat de cría para el pez conejo y el mero juvenil, especies críticas para las pesquerías regionales. La tarifa de 30 pesos por área protegida, recaudada en el pabellón de registro de Lucap, financia los barcos de patrulla y el mantenimiento de las boyas de señalización; sin embargo, los administradores del parque estiman que el número anual de visitantes—que se acercaba a 180,000 en años previos a la pandemia—pone a prueba la infraestructura de gestión de residuos en las tres islas habitadas.
Los tours directos por las Cien Islas desde Manila generalmente requieren de cinco a seis horas de tránsito terrestre a través de la autopista Tarlac–Pangasinan–La Union, y la mayoría de los operadores salen de la capital antes del amanecer para maximizar las horas de luz en el parque marino. Los servicios de furgonetas privadas y autobuses programados terminan en el mercado público de Alaminos City, a diez minutos en triciclo desde Lucap Wharf. La mayor afluencia de visitantes se concentra entre noviembre y abril, cuando los vientos del monzón del noreste disminuyen y la altura de las olas cae por debajo de un metro, creando condiciones óptimas para los circuitos de recorrido por las islas que visitan de cuatro a seis islotes en una sola mañana.
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