Pesquisas geológicas rastreiam a topografia cárstica a dois milhões de anos de elevação e erosão de recifes de coral, deixando pilares de coral fossilizado que se erguem abruptamente das águas rasas azul-turquesa. Apenas três ilhas — Quezon, Governor's e Children's — permitem acampamento noturno; as 121 restantes são apenas para visitas diurnas, com seus ecossistemas frágeis monitorados sob rigorosos protocolos de conservação aplicados pelo Conselho de Gestão de Áreas Protegidas.
A maioria dos roteiros de tour pelas cem ilhas a partir de Manila parte do Cais de Lucap em Alaminos City, Pangasinan, onde bancas — barcos de estabilizadores tradicionais — transportam visitantes através do golfo. O núcleo do parque fica dentro de um raio de 30 minutos do cais, embora ilhotas espalhadas se estendam mais para águas abertas. Quezon Island, o maior local desenvolvido, possui uma escadaria de madeira de 123 degraus que sobe até um mirante no cume a 37 metros de elevação, oferecendo vistas panorâmicas de toda a formação. Governor's Island mantém enseadas para natação e abrigos rudimentares para piquenique, enquanto Children's Island atrai praticantes de snorkel aos seus recifes rasos, onde a visibilidade chega a 8–12 metros durante as transições calmas das monções.
O inventário de biodiversidade do parque registrou 48 espécies de corais e 86 espécies de peixes durante estudos realizados entre 2018 e 2023, embora as pressões do desenvolvimento costeiro e as florações sazonais de algas tenham reduzido a cobertura de corais vivos em zonas de tráfego intenso. Biólogos marinhos observam que o arquipélago funciona como um habitat de berçário para juvenis de peixe-coelho e garoupa, espécies críticas para as pescarias regionais. A Taxa de Área Protegida da Ilha de 30 pesos, coletada no pavilhão de registro de Lucap, financia embarcações de patrulha e manutenção de boias de sinalização, mas os administradores do parque estimam que o número anual de visitantes — aproximando-se de 180.000 nos anos pré-pandemia — sobrecarrega a infraestrutura de gestão de resíduos nas três ilhas habitadas.
Os tours diretos para as cem ilhas a partir de Manila geralmente exigem de cinco a seis horas de trânsito terrestre via Tarlac–Pangasinan–La Union Expressway, com a maioria dos operadores saindo da capital antes do amanhecer para maximizar as horas de luz solar no parque marinho. Locações de vans particulares e serviços de ônibus programados terminam no mercado público de Alaminos City, a uma viagem de dez minutos de triciclo do Cais de Lucap. A visitação de pico se concentra entre novembro e abril, quando os ventos de monções do nordeste diminuem e as alturas das ondas caem abaixo de um metro, criando condições ideais para circuitos de salto entre ilhas que visitam de quatro a seis ilhotas em uma única manhã.
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