I rilievi geologici fanno risalire la topografia carsica a due milioni di anni di sollevamento ed erosione della barriera corallina, lasciando pilastri di corallo fossilizzato che si ergono bruscamente dalle acque turchesi poco profonde. Solo tre isole—Quezon, Governor's e Children's—consentono il campeggio notturno; le restanti 121 sono solo per visite giornaliere, i cui fragili ecosistemi sono monitorati secondo rigidi protocolli di conservazione applicati dal Protected Area Management Board.
La maggior parte degli itinerari del tour delle Hundred Islands da Manila parte dal Lucap Wharf ad Alaminos City, Pangasinan, dove le banca—tradizionali barche a bilanciere—trasportano i visitatori attraverso il golfo. Il nucleo centrale del parco si trova entro un raggio di 30 minuti dal molo, sebbene isolotti sparsi si estendano più lontano in mare aperto. Quezon Island, il sito sviluppato più grande, presenta una scala in legno di 123 gradini che sale verso un punto panoramico a 37 metri di altitudine, offrendo una vista panoramica sull'intera formazione. Governor's Island mantiene calette per il nuoto e rudimentali rifugi per picnic, mentre Children's Island attira gli amanti dello snorkeling verso le sue scogliere poco profonde, dove la visibilità raggiunge gli 8–12 metri durante le transizioni calme del monsone.
L'inventario della biodiversità del parco ha registrato 48 specie di corallo e 86 specie di pesci durante gli studi di base condotti tra il 2018 e il 2023, sebbene le pressioni dello sviluppo costiero e le fioriture algali stagionali abbiano ridotto la copertura corallina viva nelle zone ad alto traffico. I biologi marini notano che l'arcipelago funge da habitat vivaio per pesci coniglio e cernie giovani, specie fondamentali per la pesca regionale. La tassa Island Protected Area Fee di 30 pesos, riscossa presso il padiglione di registrazione di Lucap, finanzia le imbarcazioni di pattuglia e la manutenzione delle boe di segnalazione, tuttavia gli amministratori del parco stimano che il numero annuale di visitatori—che si avvicina a 180.000 negli anni pre-pandemia—metta a dura prova l'infrastruttura di gestione dei rifiuti sulle tre isole abitate.
I tour diretti delle Hundred Islands da Manila richiedono solitamente da cinque a sei ore di transito via terra tramite la Tarlac–Pangasinan–La Union Expressway, con la maggior parte degli operatori che parte dalla capitale prima dell'alba per massimizzare le ore di luce nel parco marino. I noleggi di furgoni privati e i servizi di autobus di linea terminano al mercato pubblico di Alaminos City, a dieci minuti di triciclo dal Lucap Wharf. L'affluenza massima si concentra tra novembre e aprile, quando i venti monsoni di nord-est si placano e l'altezza delle onde scende sotto un metro, creando condizioni ottimali per i circuiti di salto tra le isole che visitano da quattro a sei isolotti in una sola mattinata.
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